La villa de Arróniz fue señorío nobiliario, y ya aparece documentada en el siglo XI como una tenencia a cargo de Lope Fortuñones y Fortún López. Pasó después a ser dominio del rey, que en 1342 se comprometió a no enajenarla. Algunos años después, en 1397, Carlos III hizo donación hereditaria de su pecha y sus rentas a favor de Carlos de Beaumont.

A finales del siglo XIV, Arróniz sufrió una despoblación momentánea causada por la gran peste de 1348, que redujo la población al 20%, y la guerra con Castilla que tuvo lugar 30 años después.

Tras haber formado parte de la Solana durante la Baja Edad Media, en 1553 la villa aparece como parte del Condado de Lerín. Desde 1647 estuvo integrada en el valle de Santesteban de la Solana, del que intentó desvincularse en 1828. No lo consiguió hasta 1845.

Arróniz cuenta con yacimientos arqueológicos de diversas épocas, y en su término se ha recogido un útil pulimentado de la Edad de Bronce.